O CMIA realiza a monitorização da qualidade microbiológica e físico-química do Rio Ave e outros cursos de água do concelho.Alguns dos parâmetros analisados são: coliformes totais, coliformes fecais, Escherichia coli, Enterococos intestinalis, nitratos, nitritos, fosfatos, pH, condutividade, oxigénio dissolvido e temperatura da água.